台湾海峡不仅是台湾和福建的自然分界线，也是东海和南海的连接区。台湾海峡的海底总的地势是南高北低，从东西两侧向中部平缓倾斜，大部分海底地形平坦开阔。台湾浅滩是海峡中最浅的浅滩地形。海峡中平均水深为60米，南部最浅水深在10米—15米之间，中部最大水深为100米。

　  位于海峡东南部的澎湖列岛是海峡中的主要岛屿。它由64个大小岛屿和许多个浅滩暗礁组成，南北延伸60公里。澎湖列岛海拔普便较低，一般在30米—40米，最高为79米。这些岛屿主要是距今200万年前，由海底火山喷发形成的，其岩石主要是玄武岩。澎湖列岛表面起伏变化大，地形复杂，地形切割剧烈。而岛与岛之间的水下峡谷发育，如位于澎湖列岛与台湾岛西南近岸之间的澎湖水道，其下游水深达200米,是海峡中的最深之处。

　　台湾海峡南部的台湾浅滩中部，地势略高，向四周倾斜。台湾浅滩水深小于50米。浅滩外缘是个陡坡，从水深50米直下至100米，再向外则又趋平缓，从水深200米往外又剧增至1000米以上。澎湖列岛东侧的澎湖水道东岸——台湾西南岸岸坡坡度较大，离岸边不远水深便达500余米。

　　台湾海峡中部、西侧近岸水深小于50米，是浅水区。鸟丘水槽由西岸向东南穿过澎湖列岛和台湾浅滩与澎湖水道的上游相接。

　　在台湾海峡北部，从台中浅滩朝东北方向，地形相对较平缓，水深从40米逐渐过渡到80米。海峡东西两岸岸坡较陡，尤其是东岸、西北岸，岸边水深即70米，而在台湾北岸的岸边水深可达100米。